Christian Heller wuchs in Stuttgart auf. Nach einem Studium der Pädagogik war er zunächst in der Kinder- und Jugendpsychiatrie tätig. Von 1986 bis 1990 studierte er Schauspiel an der Hochschule für Musik und Theater Hannover. Von 2002 bis 2005 war er Ensemblemitglied am Theater Freiburg, danach am Schauspielhaus Zürich.
Daneben ist er auch als Sprecher tätig, für den Südwestrundfunk und Schweizer Radio DRS.
In der Tatort-Folge Bienzle und die große Liebe (2007) hatte er seine erste Fernsehrolle. Zwischen 2009 und 2011 bildete sich Heller an der Internationalen Filmschule Köln weiter. Daraufhin mimte er den Staatsanwalt Dr. Alexander Kern in der ZDF-Serie SOKO Köln.
Am Theater Erlangen stand Christian Heller bereits 2010 in Mutter Courage und ihre Kinder auf der Bühne. In der Spielzeit 2019/20 ist er in der Produktion Drei Mal die Welt zu sehen. In der Spielzeit 2022/23 ist er in der Inszenierung Mein Vater und seine Schatten zu sehen.
In der Spielzeit 2023/24 gastiert er in der Rolle des Sorin in Die Möwe.